Muzeum mieści się w klasycystycznym domu z 1 poł. XIX w., usytuowanym w północnej pierzei nieszawskiego rynku, w którym rodzina Noakowskich mieszkała w latach 1868-1877. Poza ekspozycją stałą muzeum prezentuje wystawy czasowe. Ponadto jako muzeum monograficzne gromadzi dokumenty i pamiątki związane ze St. Noakowskim, a także materiały archiwalne związane z historią Nieszawy. 

Wystawy stałe mają charakter monograficzny. Dwie sale na parterze dokumentują życie i twórczość wybitnego teoretyka architektury, pedagoga, rysownika i malarza Stanisława Noakowskiego (1867-1928). Pierwsza część wystawy ma charakter biograficzny i mieści się w zaaranżowanym gabinecie rejenta. W drugiej prezentowane są rysunki i akwarele autorstwa St. Noakowskiego pochodzące z lat 1916-1925. Ta część ekspozycji mieści się w zrekonstruowanym salonie z l. 70. XIX w.

Na pierwszym piętrze ulokowane są ekspozycje poświęcone nauczycielowi St. Noakowskiego – Ludwikowi Bouchardowi (1828-1912), krytykowi sztuki, malarzowi i pedagogowi. Na ekspozycji znajdują się obrazy olejne, akwarele, rysunki, wyroby ceramiczne oraz meble projektowane przez L. Boucharda. Podobnie jak ekspozycje stałe parteru tak i te na piętrze zostały urządzone z dbałością o odtworzenie klimatu mieszczańskich wnętrz z 2 połowy XIX w.

Muzeum St. Noakowskiego posiada także wielofunkcyjną salę wyposażoną w multimedia, w której organizowane są wystawy czasowe, koncerty, wieczory historyczne i projekcje filmowe. Muzeum jest dostosowane dla potrzeb osób niepełnosprawnych.